Beschreibung
Fortbildung - NGS Datenanalyse und Workflow Management
Ziel
Diese Online-Fortbildung bietet Ihnen eine umfassende Einführung in die Analyse von Next-Generation Sequencing (NGS) Daten sowie in das Workflow Management mit Galaxy und Snakemake/Nextflow. Sie erlernen die Verarbeitung großer NGS-Datensätze, die Erstellung vollständiger DNA-Workflows und die Anwendung von Open-Source-Software für eine reproduzierbare Datenanalyse.
Kommende Starttermine
Inhalte / Module
- Detailverständnis von NGS-Dateiformaten (FASTQ, SAM/BAM, VCF)
- Bearbeitung großer NGS-Datensätze und Qualitätskontrolle
- Anwendung von Kommandozeilentools und Softwaremanagement mit Conda
- Erstellung eines DNA-Analyse-Workflows in Galaxy und Übertragung auf Snakemake/Nextflow
- Visualisierung von NGS-Daten mit Integrated Genomic Viewer (IGV)
- Einführung in Workflow-Management-Systeme und Erstellung skriptbasierter Pipelines
Aufbau & Organisation
Der Leistungsumfang umfasst 10 Online-Kurstage zu je 8 Unterrichtseinheiten (UE), jeweils von 08:30 bis 15:30 Uhr. Die Fortbildung wird ausschließlich auf Englisch unterrichtet.
Zielgruppe / Voraussetzungen
Zielgruppe:
Die Fortbildung richtet sich an Akademiker*innen der Biologie, Mikrobiologie, Biochemie, Chemie, Medizin, Mathematik und Physik, die ihre bioinformatischen Kenntnisse erweitern möchten. Vorkenntnisse in Molekularbiologie und Grundlagen der Sequenzierungstechnologien sind von Vorteil. Programmierkenntnisse sind nicht erforderlich, jedoch Interesse am Umgang mit IT-Tools.
Fachliche Voraussetzungen:
- Grundkenntnisse in der Molekularbiologie, insbesondere Genetik/Genomik.
- Grundlegendes Verständnis von Molekular-/Sequenziertechnologien (PCR, DNA-Bibliotheken, Illumina-Sequenzierung).
- Erfahrungen in Linux/Bash, R und Python sind erforderlich.
Technische Voraussetzungen:
- Ein Computer mit freiem Festplattenspeicher von min. 30 GB.
- Betriebssystem Linux (Ubuntu / Virtuelle Maschine) oder Mac OSX.
- Ein aktueller Browser (Firefox oder Chrome).
- Stabile Internetverbindung, gute Lautsprecher und ein Mikro. Wir empfehlen zudem im Idealfall zwei, zumindest aber einen größeren Bildschirm.
Abschlussqualifikation / Zertifikat
Nach erfolgreicher Teilnahme erhalten Sie ein Zertifikat der CQ-Beratung+Bildung GmbH.
Weiterführende Seminare und Kurse
Nutzen Sie zusätzlich unser Coaching-Angebot zur beruflichen Orientierung in den Biowissenschaften.
Kostenzusatz
Die Fortbildung "NGS-Datenanalyse und Workflow Management" kostet 1.489,00 € und ist MwSt.-befreit. Der Leistungsumfang umfasst 10 Online-Kurstage zu je 8 Unterrichtseinheiten (UE), jeweils von 08:30 bis 15:30 Uhr.
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CQ Beratung+Bildung GmbH
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